スケルトン？って感じでしたが、
用はsamurai add-actionとかで作成されるデフォルトのテンプレートを雛形として
変更できるってことです。
場所は、/skeleton/直下にいろいろなスケルトンがあります。
たとえば自動生成されるactionを変更したい場合は/skeleton/action.skeleton.phpを変更。
smartyのテンプレートファイルを変更したい場合は/skeleton/template/web.smarty.skeleton.phpを変更。
そうするとsamurai add-action indexとか作ったときに自動生成されるファイルがそのように変更されます。
